Dalam naungan Yayasan Bodhi Prasadha Jakarta yang dipimpin oleh Y.M. Bhiksu Andhanavira Maha Sthavira, Sekolah Tinggi Agama Buddha (STAB) Maha Prajna berdiri tahun 2001.
Awal gagasan STAB Maha Prajna ini berasal dari gagasan Y.M. Bhiksu Andhanavira Maha Sthavira sejak tahun 1997. namun usaha itu sedikit mendapatkan kendala, kemudian ditindak lanjuti oleh Y.M. Bhiksu Matra Maitri dengan Bapak Parwadi, S.Ag, sehingga pada tahun 2001 Bapak Drs. A. Joko Wuryanto, S.Sos sebagai Kasubdit Pendidikan bersama Bapak Paniran, S.Ag serta Bapak Parwadi, S.Ag menghadap dan menawarkan program perlunya didirikan STAB Maha Prajna, ketiga beliau tadi sangat mendukung ide / gagasan Y.M. Bhiksu Andhanavira Maha Sthavira bila Yayasan Bodhi Prasadha meneruskan cita-citanya yang telah terpendam lama untuk memiliki sebuah Sekolah Tinggi Agama Buddha (STAB).

Dari tekad bulat Y.M. Bhiksu Andhanavira dan Bapak Drs. Joko Wuryanto, S.Sos, Bapak Paniran, S.Ag dan Bapak Parwadi, S.Ag serta Bapak Sapardi, S.Ag yang didalamnya termasuk Bhiksu Matra Maitri, S.S dan Bapak Suhinto, B.Sc serta para pejabat jajaran Ditjen Bimas Hindu dan Buddha khususnya Bapak I Wayan Suarjaya, M.Si, selaku Direktur Jenderal Bimas Hindu dan Buddha dan Bapak Cornelis Wowor, MA selaku Direktur Urusan Agama Buddha serta Drs. A. Joko Wuryanto, S.Sos yang pada saat itu menjabat selaku Kepala Subdit Pendidikan, maka lahirlah Sekolah Tinggi Agama Buddha (STAB) Maha Prajna Jakarta dengan Surat Keputusan dari Ditjen Bimas Hindu dan Buddha Nomor : H/60/SK/2001 tanggal 27 Nopember 2001, maka Sekolah Tinggi Agama Buddha Maha Prajna berdiri sesuai arahan Dirjen Bimas Hindu dan Buddha membuka Jurusan Dharma Acarya, Dharma Duta dan Buddhasasana dengan didukung oleh para dosen senior : Drs. A. Joko Wuryanto, S.Sos, Parwadi, S.Ag, Paniran, S.Ag, Sutarso, S.Ag, Sapardi, S.Ag, Suparmo, S.Pd, Sukoyo, S.Pd, Gimin Edi Susanto, BA (Hons), Ir. Suhartoyo Pusaka Jati, Setia Dharma, SH, Ir. Soelyono, MM.

Perkuliahan dimulai tanggal 2 September 2001 dengan jumlah mahasiswa awal 150 orang.